Im Jahr 1910 reist der aus besseren Kreisen stammende Stephen Wraysford von England nach Frankreich, um den Textilindustriellen Rene Azair bei der Modernisierung seiner Firma zu beraten. Dabei macht er Bekanntschaft mit Azairs schöner junger Frau, in die er sich alsbald verliebt, was in eine kurze und letztlich unglückliche Affäre mündet. Einige Jahre später kommt Stephen unter veränderten Vorzeichen erneut in die Gegend. Diesmal herrscht Krieg, und Stephen muss sich auf dem Schlachtfeld gegen die Deutschen bewähren.

Ende des 19. Jahrhunderts: Die Luftfahrt-Enthusiastin Amelia Wren (Felicity Jones) liebt die Ballonafahrt über den Wolken, doch die gesellschaftlichen Konventionen der damaligen Zeit verbieten es einer Frau, Pilotin zu werden. Zeitgleich arbeitet der Wissenschaftler James Glaisher (Eddie Redmayne) daran, die Wettervorhersage zu verbessern und wird dafür für einen Fantasten gehalten. Die beiden gesellschaftlichen Außenseiter und Querdenker tun sich zusammen, um es der Welt zu zeigen. In einer halsbrecherischen, lebensgefährlichen Ballonfahrt über 8000 Meter wollen sie bisher Unerreichtes beweisen. Doch die beiden Abenteurer sind der Natur und den Gezeiten bald hoffnungslos ausgeliefert. Die Pionierarbeit ist wahrlich kein Zuckerschlecken ...

Gellert Grindelwald für dessen Verhaftung Newt Scamander gesorgt hatte, ist die Flucht gelungen. Und nicht nur das: Der Schurke hat zwischenzeitlich eine noch größere Anhängerschaft aus Zauberern um sich geschart, um seinen düsteren Plan umzusetzen, der die Vorherrschaft der reinblütigen Magier vorsieht. Einzig Grindelwalds ehemals bester Freund Albus Dumbledore wäre in der Lage, ihn zu stoppen, aber dazu wiederum benötigt dieser die Hilfe seines früheren Schülers Scamander, der so in sein nächstes Abenteuer stürzt - und dieses Mal verschlägt es ihn nach Europa, genauer gesagt nach Paris.

Der exzentrische und einzigartig begabte britische Zauberer Newt Scamander erforscht magische Wesen auf dem ganzen Planeten. In seinem unscheinbaren, aber im Inneren durch Magie vergrößerten Koffer beherbergt er eine ganze Sammlung seltener und gefährdeter magischer Kreaturen samt ihrer Lebensräume. 1926 reist er schließlich in das magie-phobische Amerika. Schnell wird ihm klar, dass sich die magische Gemeinschaft in den USA regelrecht vor den No-Maj (aka Muggeln) versteckt. Und die Zauberer und Hexen dort sorgen sich sogar noch mehr um die öffentliche Enthüllung der Magie als im Vereinigten Königreich. Vor Ort trifft er dann auf die rechtschaffende Porpetina "Tina" Goldstein, Mitarbeiterin der US-Zaubereibehörde Magical Congress of the United States of America, kurz MACUSA. Als eine Vielfalt seiner teils gefährlichen Geschöpfe aus seinem Koffer kommen, ist Chaos Programm.

1348 ist England im Griff des Schwarzen Todes, doch ein abgelegenes Dorf scheint sich der Pest widersetzen zu können. Im Auftrag der Kirche, die einen Verlust ihres Einflusses durch zunehmenden Aberglauben fürchtet, sollen Ritter Ulric und seine kleine Gruppe von Kämpfern und Folterknechten in Erfahrung bringen, ob die Dorfbewohner wirklich verbotene und gar übernatürliche heidnische Rituale durchführen. Der junge Novize Osmund führt die Gruppe zum Dorf, wo die Männer ein trügerisches Idyll und ein Härtetest für ihren eigenen Glauben erwarten.