Atlantischer Ozean in 16.000 Fuß Tiefe - kurz vor dem Ende einer 90-Tage-Schicht trifft die Besatzung der Unterwasserbasis Shack 7 in einem Meeresgraben auf das Wrack eines russischen Schiffes. Nach offiziellen Angaben kreuzt die "Leviathan" auf der Ostsee. Das Logbuch des Wracks gibt weitere Rätsel auf: alle Besatzungsmitglieder starben an einer geheimnisvollen Epidemie. Eine Flasche Wodka aus dem Wrack bringt den Stein ins Rollen: nach dem Wodkagenuß stirbt der Taucher Sixpack unter seltsamen Umständen, nach seinem Tod fängt sein Körper an sich zu verändern. Noch stehen alle vor einem Rätsel, da äußert der Mannschaftsarzt einen schockierenden Verdacht: es handelt sich hier um genetische Veränderungen. Wurde die Besatzung der "Leviathan" Opfer eines fehlgeschlagenen Gen-Experiments? Noch sucht die Crew der Shack 7 nach einer Antwort, da erwacht der Körper des toten Sixpack zu neuem Leben: als eine Art Fischungeheuer wird er für alle zu einer tödlichen Bedrohung...

Im Jahr 2022. John Robbins, wegen Mordverdachts verurteilt, soll psychisch geknackt werden. Er kommt in ein sadistisches Privatgefängnis. Wird gefoltert. Vergeblich. Nun hat man ihn ausgesetzt, auf diesem gnadenlosen Archipel, mitten im Ozean. Die Gefangenen der Insel spalten sich in zwei Lager: Den wenigen Friedfertigen steht eine mordende Horde übelster Kreaturen gegenüber. Für John Robbins beginnt eine unvollstellbare Hetzjagd auf Leben und Tod.

Als der amerikanische Wissenschaftler Eli Michaelson den Nobelpreis gewinnt, beschließt er, zusammen mit seiner Frau und seinem Sohn Barkley zur Preisverleihung nach Stockholm zu fahren. Auf dem Weg wird Barkley dann aber entführt - und zwar von einem Mann namens Thaddeus, der vorgibt, der echte Sohn Elis zu sein.

Ein neuentdeckter Komet ist im Asteroidengürtel mit dem Asteroiden Orpheus kollidiert. Für die Astronauten der Raumfähre Challenger II endet die Kollision tödlich, da die Raumfähre von einem der Bruchstücke getroffen wird. NASA-Chef Harry Sherwood fühlt sich für ihren Tod verantwortlich, weil sich Challenger II eigentlich auf dem Weg zum Mars befand und von ihm zum Asteroidengürtel geschickt wurde, um dort den neuen Kometen zu beobachten. Ein weitaus größeres Problem ist aber, dass Reststücke von Orpheus auf die Erde zusteuern, darunter ein Meteor von acht Kilometern Breite, dessen Einschlag in sechs Tagen erwartet wird. Findet man bis dahin keine Lösung, hätte das eine globale Katastrophe und eine neue Eiszeit zur Folge.

Der Redenschreiber Kevin Vallick (Michael Keaton) verliebt sich in seine Kollegin Julia Mann (Geena Davis), doch dann stellt Kevin fest, dass Julia für den Gegenkandiat arbeitet.