Nach seinem Aufeinandertreffen mit den Avengers ist Peter Parker alias Spider-Man wieder zurück in New York, wo er bei seiner Tante May wohnt. Seitdem er mit bzw. gegen die anderen Helden kämpfte, fragt er sich, ob er mit seinen herausragenden Fähigkeiten nicht mehr machen sollte, als nur die freundliche Spinne aus der Nachbarschaft zu sein, die den einen oder anderen Einbruch verhindert und Taschendiebe stoppt. Doch daneben muss der von seinem neuen Mentor Tony Stark geförderte Jugendliche auch noch den Alltag auf die Reihe bekommen, den Alltag als Teenager an einer Highschool, wo er sich in Liz verguckt hat. Blöd, dass ausgerechnet in dieser Situation ein Bösewicht für Unruhe sorgt, der technisch bestens ausgestattet ist und von Rachedurst getrieben: der Vogelmann Vulture ...

Eine gigantische Sintflut droht, alles Leben auf der Erde auszulöschen, denn Gott ist zornig! Doch er beauftragt Noah damit, eine Arche zu bauen. Auf ihr soll er das Überleben von Menschheit und Tierwelt sichern, indem er jede Spezies mit jeweils einem Männchen und einem Weibchen an Bord bringt. Während Noah mit seiner Frau Naameh, seinen Söhnen Ham und Shem sowie deren Freundin Ila an die Arbeit geht, droht Gefahr durch andere Menschen. Die wollen sie sich ihren Platz auf dem rettenden Schiff sichern, als sie von Noahs Plan erfahren. Und sie sind bereit, dafür zu töten. Deswegen setzt Noah alles daran, seinen Auftrag zu Ende zu bringen. Dazu braucht es Hoffnung - die schwindet jedoch mit steigendem Wasserpegel...