Nach einem schweren und verlustreichen Einsatz auf Rigel VII fliegt die U.S.S. Enterprise unter dem Kommando von Captain Christopher Pike zur nächsten Sternenflottenbasis. Auf dem Weg dorthin kommt ein Notruf herein, von der S.S. Columbia, welche vor 18 Jahren auf dem Planeten Talos IV abstürzte. Da es sich um einen automatischen Notruf handelt und es keine Anzeichen für Überlebende gibt, lässt Pike den Kurs nicht ändern. Pike macht sich unterdessen schwere Vorwürfe wegen dem Tod einiger Crewmitglieder auf der letzten Mission. Er würde am liebsten den Dienst quittieren. Die Enterprise bekommt zur gleichen Zeit einen weiteren Ruf von Talos IV, in dem es heißt, dass es 11 Überlebende gibt. Pike lässt den Kurs ändern und fliegt nach Talos IV...

Die Angst kommt aus dem All! San Francisco wird von tückischen Lebewesen heimgesucht. Sie zerstören die Psyche und fressen den Körper. Ihr grausamer Terror breitet sich unaufhaltsam aus. Der Gesundheitsforscher Matthew Bennell (Donald Sutherland) erkennt als Erster: Eine tödliche Saat aus dem All bedroht alles Leben auf der Erde. Man sieht sie nicht, doch man weiß, dass sie da sind... es gibt kein Entrinnen!

Die Crew der Enterprise wird nach Hause zurückbeordert, nur um festzustellen, dass eine unaufhaltsame Macht des Terrors aus den Reihen ihrer eigenen Organisation die Flotte und die Welt in einen Krisenzustand versetzt. Auch um eine persönliche Rechnung zu begleichen, macht sich Captain Kirk auf zu einer Jagd mitten in ein Kriegsgebiet, um eine Ein-Mann-Massenvernichtungswaffe zu finden und denjenigen, der sie einsetzen will. Unsere Helden sind dabei nur Figuren in einem epischen Schachspiel auf Leben und Tod. Liebe wird auf die Probe gestellt, Freundschaften werden zerrissen und Opfer müssen für Kirks letzte verbliebene Familie erbracht werden: Seine Mannschaft.

Wir schreiben das 23. Jahrhundert. Der junge James Tiberius Kirk ist ein Draufgänger, der keiner Kneipenschlägerei aus den Weg geht und bevorzugt mit dem Kopf durch die Wand marschiert. Der Heißsporn bewirbt sich auf Rat eines alten Freundes seines verstorbenen Vaters bei der Sternenflotten-Akademie der Föderation und findet in dem kauzigen Arzt Dr. Leonard "Pille" McCoy sogar gleich einen neuen Kumpel. Ansonsten macht sich der Frauenheld auf der Akademie eher Feinde. So wie den Halb-Vulkanier Spock, dem auffällt, dass Tiberius bei einer Prüfung gemogelt hat. Die beiden entwickeln sich zu erbitterten Rivalen, müssen ihre Feindseligkeiten jedoch aufgeben, als die U.S.S. Enterprise vom Stapel läuft und Captain Pike bei einer Mission von dem romulanischen Outlaw Nero gefangen genommen wird, der nur von einem Gedanken beseelt ist: Rache!

Nachdem die Explosion eines klingonischen Mondes das Imperium in die Knie zwingt, liegt das fremdartige Konzept eines Friedens mit der Föderation in greifbarer Nähe. Ironischerweise soll gerade Admiral James T. Kirk als Botschafter den Frieden aushandeln. Alle Hoffnungen werden jedoch zunichte gemacht, als die Crew der U.S.S. Enterprise beschuldigt wird, einen klingonischen Diplomaten ermordet zu haben. Stattdessen stehen beide Seiten vor einem alles vernichtenden Krieg...