Jason Bourne war nicht alleine: Tatsächlich war er nur einer von vielen Agenten, die beim Treadstone-Programm zu einer willenlosen Tötungsmaschine umprogrammiert wurden. Zu ihnen gehörte auch Aaron Cross, ein Agent, der als verschwunden galt - bis er, wie Bourne, unvermittelt mit gelöschtem Gedächtnis wieder auftaucht und beginnt, Fragen zu stellen. Das sorgt für Panik bei den Verantwortlichen innerhalb des CIA, denn Aaron Cross ist bekannt dafür, noch viel gefährlicher zu sein als Jason Bourne.

Ein Straßenzug in einer kriegszerstörten Stadt: Die Soldaten, die hierhin gerufen wurden, mögen bestens ausgerüstet sein - aber gegen den Feind, dem sie nun begegnen, helfen keine herkömmlichen Waffen. Eine nahezu unsichtbare Macht tötet den Trupp, der Vorfall verlangt nach schnellen Antworten. Der Ingenieur Clyne wird von seinem Vorgesetzten damit beauftragt, für rasche Aufklärung zu sorgen. Zusammen mit einer Gruppe Elitesoldaten fährt er ins Kampfgebiet. Aus einem gepanzerten Wagen heraus verfolgt Clyne vorm Monitor, wie die Kämpfer in einen weiteren Hinterhalt geraten, ausgeführt von tödlichen Geistern. Die Männer versuchen, zu fliehen, aber die Evakuierung endet auf vermintem Gelände. Allein zwischen Trümmern müssen die Soldaten und der Ingenieur gegen Feinde kämpfen, die sie erst sehen, wenn es zu spät ist...