Ein riesiger Meteoriten-Sturm bewegt sich auf die Erde zu und kündigt den Beginn einer weltweiten Apokalypse an. Die Meteore treten in die Erdumlaufbahn ein und zerfallen in der Atmosphäre zu einem gigantischen Schuttregen, der die Erdoberfläche bombardiert. Als schließlich das Trinkwasser verseucht wird, macht sich David Dematti auf die Suche nach seiner Familie. Im Laufe der Suche begegnet David der verzweifelten Lynn. Die Beiden tun sich zusammen, um einander n dieser Krise der Menschheit zur Seite zu stehen. Doch je näher David der Lösung des Rätsels kommt, desto tiefer gerät seine Familie in Gefahr.

Der Mega Shark kehrt nach seinen Kämpfen gegen den riesigen Octopus und den Crocosaurus erneut zurück. Als er dieses mal wieder die Weltmeere unsicher macht und einen gigantischen Schaden vor der Küste Ägyptens anrichtet, hat dies weltweite Börsencrashs und Panik zur Folge. Doch die Navy hat aus den ersten Mega-Shark-Vorfällen gelernt und ist nun besser auf die Situation vorbereitet: Sie haben bereits ein spezielles U-Boot entwickelt, dass der Gestalt eines Hais ähnelt. Die Militärwissenschaftlerin Rosie will damit dem gigantischen Haifisch gegenübertreten und ihn besiegen. Jedoch konnte Rosie viele der Schwächen der neuartigen Maschine noch nicht rechtzeitig ausmerzen und der Mega Shark macht sich diese schon bald zu Nutzen.