Die Französin Jeanne reist nach Japan auf der Suche nach einer seltenen Heilpflanze. In den tiefen, undurchdringlichen Wäldern der Yoshino-Berge soll sich die geheimnisvolle Pflanze Vision befinden. Sie blüht der Legende nach nur einmal alle 997 Jahre und befreit den Menschen von seinen Ängsten und Schwächen. Während ihrer Reise trifft sie auf Tomo, der die Wälder sein Zuhause nennt und spürt, dass in den Bergen eine beunruhigende Veränderung vor sich geht. Jeanne ist überzeugt, dass die mysteriöse Pflanze kurz vor ihrer Blüte steht. Ein Jahrtausendereignis kündigt sich an und Jeanne wird auf den Spuren ihrer Vergangenheit nicht nur Tomo, sondern auch der Essenz der menschlichen Existenz unvergleichlich nahe kommen.

Der bösartige Schwertkämpfer Makoto Shishio (Tatsuya Fujiwara) will Japan in die Katastrophe stürzen. Er verfolgt den radikalen Plan, die Meiji-Regierung in Kyoto zu stürzen und kann sich auf seinem blutigen Streifzug durch die politische Vertikale auf seine außerordentlichen Fähigkeiten als Meister der Schwertkunst verlassen. Das Land hat nur eine Hoffnung: Kenshin Himura (Takeru Satô). Der hat aber geschworen, nie wieder zum Schwert zu greifen. Als jedoch auch er merkt, dass die Situation in Japan zunehmend außer Kontrolle gerät, zwingen ihn die Aktionen Makoto Shishios dazu, sich gegen seinen Schwur und die Einwände seiner Freundin (Hiroko Yashiki) zu entscheiden und wieder zum Schwert zu greifen. Das Schicksal Japans wird im Kampf zwischen Makoto Shishio und Kenshin Himura entschieden.

Als ihr Fürst heimtückisch ermordet wird, bleibt 47 entehrten Ronin (herrenlose Samurai) nur die Verbannung - deshalb wollen sie Rache. Der Krieger Oishi und seine Gefährten sind dabei auf die Unterstützung des Halbbluts Kai angewiesen, müssen ihn aber zunächst aus der Sklaverei befreien. Kai wurde einst vom Fürsten aufgenommen und erzogen und liebt seit langem die Tochter seines Herren. Obwohl die Ronin das Halbblut ihre Abneigung spüren lassen, schließt Kai sich ihrer Gruppe an und steigt schließlich sogar zum Anführer auf. Gemeinsam versuchen sie die Festung des Feindes zu stürmen und die Ehre ihres Fürsten wieder herzustellen. Doch auf dem Weg dorthin müssen sie sich gegen ihre Feinde, zu denen nicht nur Fabelwesen und eine verführerische Hexe zählen, wehren.

Als ihr Fürst heimtückisch ermordet wird, bleibt 47 entehrten Ronin (herrenlose Samurai) nur die Verbannung - deshalb wollen sie Rache. Der Krieger Oishi und seine Gefährten sind dabei auf die Unterstützung des Halbbluts Kai angewiesen, müssen ihn aber zunächst aus der Sklaverei befreien. Kai wurde einst vom Fürsten aufgenommen und erzogen und liebt seit langem die Tochter seines Herren. Obwohl die Ronin das Halbblut ihre Abneigung spüren lassen, schließt Kai sich ihrer Gruppe an und steigt schließlich sogar zum Anführer auf. Gemeinsam versuchen sie die Festung des Feindes zu stürmen und die Ehre ihres Fürsten wieder herzustellen. Doch auf dem Weg dorthin müssen sie sich gegen ihre Feinde, zu denen nicht nur Fabelwesen und eine verführerische Hexe zählen, wehren.