Jupiter Jones wurde unter dem Nachthimmel geboren. Bereits bei ihrer Geburt gab es erste Anzeichen, dass Jupiter etwas ganz Besonderes ist, berufen zu außergewöhnlichen Dingen. Als junge Erwachsene träumt sie von den Sternen, muss sich aber mit der harten und kalten Realität anfreunden. Sie hat bereits einige Trennungen hinter sich und lebt momentan mehr schlecht als recht von ihrem Job als Putzfrau. Doch dann kommt Caine auf der Erde an, ein genetisch veränderter Ex-Söldner. Er verschafft der jungen Frau einen ersten Eindruck davon, was das Schicksal für sie bereithält. Denn Jupiter gehört zu einer Blutlinie, die dazu in der Lage ist, das Gleichgewicht des gesamten Kosmos zu beeinflussen. Ihre Abstammung birgt große Gefahr: Der sinistere Balem will Jupiter tot sehen...

Der junge Professor Charles Xavier, in seinen Zwanzigern, mit üppiger Haarpracht und zu Beginn des Films noch nicht im Rollstuhl, studiert in Oxford und trifft auf den gleichaltrigen Erik Lensherr. Beide sind Mutanten mit außergewöhnlichen Fähigkeiten. Gemeinsam erdenken sie eine Zukunft, in der Mutanten und Menschen vereint leben können. Als das Wohl der Welt auf dem Spiel steht, kämpfen sie mit vereinten Kräften und der Hilfe von anderen Mutanten gegen die drohende Gefahr des Hellfire Clubs mit Emma Frost und Sebastian Shaw. Erst im Laufe dieses Kampfes werden die beiden zu den Todfeinden der vorherigen Filme.