Dr. Elizabeth Weir und ihr Team gehen auf eine gefährliche Mission mit ungewissem Ausgang, um die sagenumwobene Stadt Atlantis zu finden. Doch das Ziel befindet sich so weit weg, dass die Energie nicht für eine Rückkehr reicht. In einer von der Erde unermesslich weit entfernten Galaxis stoßen sie auf technische Wunderwerke, neue Verbündete - aber auch auf einen neuen, schrecklichen Feind...

In Seattle versetzt eine Serie von Sexualmorden die Bevölkerung in Unruhe. Captain Elijah Kane und seine Spezialtruppe übernehmen die Sache, was nicht jedem Beamten schmeckt, der bisher mit dem Fall beschäftigt war. Doch auch Kane hat Sorgen. Irgendwelche wortkargen Dunkelmänner stellen ihm nach und wenden dabei Geheimdiensttechniken an. Ob da etwa Leute aus seiner eigenen Agentenvergangenheit noch eine Rechnung mit ihm zu begleichen haben. Derweil bahnt sich eine Auseinandersetzung innerhalb der russischen Mafia an.

In einer amerikanischen Großstadt der nicht mehr allzu fernen Zukunft, wo alle Menschen alle Verrichtungen in der Nacht ausführen, wird das Auto des braven Bürgers Luke Gibson von Agenten eines Biotech-Konzerns von der Straße gerammt. Im Krankenhaus pflanzt man Gibson einen Chip ins Gehirn, der ihm jede Erinnerung raubt und ihn dafür allerhand Werbebotschaften sehen lässt. Als Gibson den Chip loswerden will, schickt ihm Konzernchef Hope seine Killerhorden auf den Hals. Doch Gibson findet Freunde unter lokalen Rebellen und schlägt zurück.