Die eigentlich recht wehrhafte Elite-Einheit G.I. Joe wird von einer höheren Instanz attackiert und soll vollständig ausgelöscht werden. Bei der perfide geplanten Liquidierungsaktion sterben viele Mitglieder der kampferprobten Elite-Einheit. Nur eine kleine Runde rund um Captain Duke Hauser, den zupackenden Roadblock und die verführerische Lady Jaye überleben den tödlichen Übergriff und gehen der Sache fortan auf den Grund. Unterstützung erhalten sie dabei von dem zwar etwas in die Jahre gekommenen, aber immer noch recht schlagfertigen General Joe Colton, seines Zeichens ehemaliger Gründer der Elite-Einheit G.I. Joe.

Der junge D'Artagnan macht sich auf dem Weg von seinem idyllischen Heimatdorf nach Paris, wo er den Musketieren beitreten will. Gleich bei seiner Ankunft legt er sich mit den erfahrenen Haudegen Athos, Porthos und Aramis an und schließt dabei Freundschaft mit ihnen. Gemeinsam treten sie gegen den diabolischen Kardinal Richelieu, dessen Handlanger Rochefort und die durchtriebene Lady de Winter an, die Frankreich in den Krieg mit England treiben wollen, um den König stürzen und die Krone an sich reißen zu können.