Die 16-jährige Agnes 'Apple' Bailey (Vanessa Hudgens) ist bei ihrer Mutter June (Rosario Dawson) aufgewachsen, die als Prostituierte arbeitet und heroinabhängig ist. June drängt Apple dazu, in ihre Fußstapfen zu treten, doch diese wünscht sich mehr vom Leben. Sie sucht deswegen ihren Vater Tom Fitzpatrick (Brendan Fraser) auf, der erst 19 Jahre alt war, als er June schwängerte und sie daraufhin verließ. Tom arbeitet inzwischen als Banker an der Wall Street und gestattet Apple widerwillig bei ihm zu wohnen. Doch als die junge Frau feststellt, dass sie schwanger ist und sich dazu entscheidet, das Kind zu behalten, wird sie von Tom zurück auf die Straße gesetzt. Schließlich nimmt sich der Kaplan McCarthy (James Earl Jones) ihrer an und verspricht ihr, sie in einem Heim für schwangere junge Frauen unterzubringen. Dieses wird von der spirituellen Kathy (Ann Dowd) geleitet und zum ersten Mal in ihrem Leben beginnt sich Apple an einem Ort zu Hause zu fühlen.

Die NASA unterhält in der Antarktis ein Labor, dessen Mitarbeiter ein Objekt im Eis finden. Als sie das Objekt in einem Eisblock in der Station untersuchen wollen, beginnt es trotz Kühlung aufzutauen. Die außerirdische Kapsel beginnt, ähnliche Signale wie jene, die man 1947 in Roswell fand, zu senden. Der Kryptologe Julian Rome, der früher für SETI arbeitete, wird mit der Dechiffrierung der Signale beauftragt.Die Kapsel wird geöffnet, wobei die Labormitarbeiter einer Infektion zum Opfer fallen. In der Kapsel befand sich ein außerirdischer Pilot.Ein U-Boot wird beauftragt, das Labor zu zerstören, um die Ausbreitung der Seuche zu verhindern.