Die Veröffentlichung eines "Heilmittels" für Mutanten schreckt die bisher friedlich mit den Menschen lebende Gesellschaft auf. Magneto nimmt das zum Anlaß einen Kriegszug gegen die Menschen zu führen, um endlich die Herrschaft zu erlangen. Doch die X-Men um Professor Xavier versuchen dem Treiben ein Ende zu bereiten, das Gleichgewicht und den Frieden wieder herzustellen.

Die Ausreißerin Rogue, die aufgrund ihrer wachsenden Mutantenkräfte, nämlich die Fähigkeit, durch Berührung die Persönlichkeiten, Erinnerungen und Kräfte anderer Menschen kurzzeitig zu absorbieren, von zu Hause weggelaufen ist, trifft bei ihrer Flucht in Kanada auf den Einzelgänger Logan, der geschärfte Sinne und die Fähigkeit besitzt, eigene Verletzungen in Sekunden zu heilen. Dazu ist sein Skelett vollständig mit einem schier unzerstörbarem Metall (Adamantium) überzogen und mit sechs ausfahrbaren Klauen bewaffnet; Logan kann sich aber nicht erinnern, wann und wo sein Skelett derart behandelt worden ist, noch hat er irgendeine Erinnerung an seine eigene Vergangenheit.

In der Kleinstadt Devil's Gate untersuchen FBI-Agentin Daria Francis und Sheriff Gruenwell das Verschwinden einer Frau und ihres Sohnes. Der Verdacht fällt auf den Ehemann Jackson Pritchard, den der Sheriff aber schützen möchte, da er ein achtbarer Bürger wäre. Gemeinsam mit Maria der Schwester der Verschundenen gehen die Agentin und Deputy Sheriff Colt Salter zum Anwesen des religiösen Fanatikers Prichard, der Maria angreift. Daraufhin durchsuchen sie das Haus und entdecken im Keller von Pritchard dann Erschreckendes.

Der ehemalige Soldat Brandon MacGregor (Shawn Ashmore) hat schon so einiges mitgemacht und wird noch immer von traumatischen Erinnerungen aus dem Krieg geplagt. Zum Glück steht ihm seine Verlobte Mia (Tifanny Brouwer) zur Seite. Doch dann wird diese eines Tages entführt und vieles deutet darauf hin, dass ein übler Menschenhändlerring dafür verantwortlich ist. Brandon setzt alles in Gang, um seine Liebe zu retten und tut sich dafür mit seinen Brüdern zusammen, die ebenfalls Kampferfahrung haben. Doch das reicht noch nicht, um mit so einem gefährlichen Gegner fertig zu werden. Also sucht die Gruppe Hilfe beim erfahrenen und eiskalten Cop James Avery (Bruce Willis). Der ist unbestechlich und gnadenlos - also genau der Richtige für die waghalsige Rettungsmission, außerdem hat es Avery selbst schon eine ganze Weile auf das Kartell abgesehen und verfolgt seine ganz eigenen Rachepläne.

In der Zukunft stehen die Mutanten kurz vor dem Aussterben, weil sie von Killer-Robotern gejagt und getötet werden: den Sentinels. Aufgrund der Bedrohung arbeiten die Gegner Magneto und Charles Xavier zusammen - ihr Plan sieht vor, den Terror durch die Sentinels gar nicht erst zuzulassen. Dazu schicken sie Wolverines Bewusstsein mit Hilfe von Kitty Pryde in die Vergangenheit, da sich sein Geist von den Folgen einer solchen Zeitreise erholen kann. In der Vergangenheit soll Wolverine eine Tat Mystiques verhindern, die den Bau der Sentinels erst möglich machte; der Eingriff würde also die Zukunft im Sinne der Mutanten verändern. Doch dafür muss Wolverine erst ein Team aus Mutanten zusammenstellen - was sich als schwierig erweist. Der junge Charles Xavier etwa ist in einem miserablen psychischen Zustand...