Eine gewaltige außerirdische Armee bedroht die Existenz der Erde. Die Invasion beginnt mit dem Auftauchen gigantischer Raumschiffe, die sich über den wichtigsten Zentren der Welt positionieren. Die bedrohliche Faszination schlägt schnell in unvorstellbare Panik um, als die Raumschiffe angreifen und bedingungslos zerstören. Nun liegt das Schicksal der Menschheit in den Händen der wenigen Überlebenden, die sich für den alles entscheidenden Kampf gegen die Invasoren bereit machen...

Turbulenzen in Gotham City und im Hause Wayne. Zwei neue Superverbrecher, der rachsüchtige Wissenschaftler Mr. Freeze und die giftige Ökoamazone Poison Ivy, haben den Ring betreten. Außerdem macht sich Nachwuchs in der Batcave breit: Barbara Wilson, Alfreds liebe Nichte, begehrt mit Vehemenz Einlaß und ihre umgehende Beförderung zum Batgirl. Als Mr. Freeze auf Anraten von Ivy damit beginnt, die komplette Stadt einzufrieren, sind Eile und Teamwork geboten.

Von einem geschäftlichen Tiefschlag getroffen, wird die Restaurantchefin eines Skiresorts von ihrem neuen Boss, der selbst Geheimnisse hütet, in Unruhe versetzt.

Am Ende des ersten Teils hatten sich Surfer und Bar-Besitzer Fin und seine Ex-Frau April miteinander versöhnt. Nun brechen sie zu einer Reise nach New York auf, um dort ihre alte Highschool-Freundin Skye zu besuchen. Was ein netter Ausflug sein sollte, nimmt bald eine beunruhigende Wende, denn die Ereignisse überschlagen sich erneut. Wiederum legt sich ein bizarrer Wirbelsturm über die Stadt: Es handelt sich um einen Sharknado. Das ungewöhnliche Wettersystem hatte dafür gesorgt, dass der Sturm an der Küste einen Haischwarm aufgesaugt hatte, die nun um die Freiheitsstatue ebenso wie über den Broadway tänzeln. Natürlich lassen sich die Sharknado-Experten dies nicht bieten, sondern gehen sogleich in die Offensive, indem sie dem Sturm mit Kettensägen und selbstgebauten Bomben trotzen.

In den letzten Szenen von "Sharknado 5: Global Swarming" ist Fin der einzige Überlebende, nachdem die Erde durch die Sharknados zerstört wurde. Nun muss Fin in Sharknado 6 durch die Zeit reisen, um den Sharknado zu verhindern, mit dem alles begann. Werden Fin und sein Team es schaffen, die Ordnung wiederherzustellen und die Welt ein weiteres Mal zu retten?