Im Jahre 2125 hat Alec Mason die Bewohner der Mars-Kolonien im erbitterten Widerstand zur Freiheit geführt. 25 Jahre später muss sein Sohn Jake als "Red Faction Ranger" weiterhin für die Freiheit der Bevölkerung kämpfen, denn eine neue generische Gruppierung - angeführt von Adam Hale - ist entstanden. Außerdem sucht Jake nach seiner Schwester Lyra die vor zwölf Jahren entführt wurde.