Der Highlander Connor MacLeod ist unsterblich. Als er 1536 eine sonst tödliche Wunde überlebt, wird er aus seinem Dorf vertrieben. Ein anderer Unsterblicher, der Spanier Ramirez, unterweist ihn im Schwerterkampf und klärt ihn auf: Wenn ein Unsterblicher einen anderen Unsterblichen enthauptet, geht dessen ganze Kraft und dessen ganzes Wissen auf ihn über. Der letzte Überlebende erhält die Macht, die gesamte Welt zu beherrschen. Diese Macht darf nicht in falsche Hände geraten. Bei einem Treffen im heutigen New York treten die letzten Überlebenden zum Endkampf gegeneinander an. Der Highlander trifft auf den stärksten der Unsterblichen: den mörderischen Barbaren Kurgan. Denn am Ende kann es nur einen geben...

Ohne es zu wissen, landet Chekov auf dem Planeten, auf den Kirk einst Khan verbannte. Der zwingt den Russen, seinen Ex-Captain herzulocken. Zugleich hat Khan es auf das Projekt Genesis abgesehen, das Kirks einstige Liebe Dr. Marcus zusammen mit ihrem gemeinsamen Sohn leitet. Es soll die Schöpfung fruchtbarer Welten auf öden Planeten ermöglichen. Als Kirk mit einer Enterprise voller Neulinge eintrifft, greift ein Föderationsschiff an. Khan führt dort das Kommando...