Ein lautes Brüllen, schwere Schritte, die die Erde erschüttern lassen: Godzilla, eine nach französischen Atomversuchen zum Monster mutierte Echse, hält Einzug in New York und hinterläßt eine Spur unvorstellbarer Verwüstung. Das Militär ist machtlos gegen die Urgewalt des übermächtigen Gegners, selbst Raketen perlen an Godzilla ab wie Wassertropfen. Während die unverzagte Schlacht gegen die todbringende Kreatur immer wütender entbrennt, machen der Biologe Nick und der französische Geheimagent Roache die furchterregende Entdeckung, daß Godzilla Manhattan nicht zufällig angesteuert hat. Hinter seiner Wut lauert eine viel größere Gefahr. Eine Gefahr, die das Ende der Welt bedeutet, wenn nicht sofort gehandelt wird.

Luc Deveraux hat seine Erlebnisse als Universal Soldier überstanden und arbeitet für die US-Regierung an einer Verbesserung und Wiederaufnahme des Universal-Soldier-Programms. Als der Supercomputer S.E.T.H. durchdreht und die Kontrolle über die Killermaschinen übernimmt, ist Luc der einzige, der sie stoppen kann.