Im 23. Jahrhundert bewegt sich das Böse in Form eines nahezu unzerstörbaren Kometen auf die Erde zu. Wird er nicht aufgehalten, wird er die Welt vernichten. Doch die Mondoshawan, ein uraltes, friedliebendes Volk, besitzen eine Waffe, das sogenannte fünfte Element, mit der der Komet vernichtet werden kann. Auf ihrem Weg zur Erde werden sie jedoch von bösen Mächten vernichtet, die den Untergang der Menschheit herbeiführen wollen. Wissenschaftlern aber gelingt es, das fast zerstörte fünfte Element wieder herzustellen. Durch eine Reihe von Zufällen wird schließlich der Taxifahrer Korben Dallas in die Geschichte hineingezogen: In seinen Händen liegt plötzlich die Zukunft der Menschheit.

Aus der Provinz kommt der renommierte Geschichtslehrer Richard Clark an eine Großstadtschule und muss feststellen, dass dort für ihn etwas ungewohnte Bedingungen herrschen: Auf dem Schulhof wird gedealt, das Gebäude ist verschmutzt und die Gewaltbereitschaft ist bedenklich. Im Klassenraum bietet sich das selbe Bild. Ganz klar, dass in so einem turbulenten Klima niemand unterrichten kann, wenn - ja wenn er sich nicht ein paar raffinierte Tricks einfallen lässt...

In Dallas wird ein Bürogebäude in die Luft gesprengt. Die FBI-Agenten Fox Mulder und Dana Scully - nach Schließung der X-Akten zur Anti-Terror-Einheit versetzt - versuchen, den Fall aufzuklären. Im Zuge der Ermittlungen lernen sie den Schriftsteller Dr. Kurtzweil kennen, der ihnen von einer großangelegten Verschwörung erzählt: Außerirdische planen gemeinsam mit der einflußreichen Organisation "Das Syndikat" die Übernahme der Erde. Und die Kolonisation, die sich mittels eines mutierten Virus ausbreitet, schreitet rapide voran...