In Dallas wird ein Bürogebäude in die Luft gesprengt. Die FBI-Agenten Fox Mulder und Dana Scully - nach Schließung der X-Akten zur Anti-Terror-Einheit versetzt - versuchen, den Fall aufzuklären. Im Zuge der Ermittlungen lernen sie den Schriftsteller Dr. Kurtzweil kennen, der ihnen von einer großangelegten Verschwörung erzählt: Außerirdische planen gemeinsam mit der einflußreichen Organisation "Das Syndikat" die Übernahme der Erde. Und die Kolonisation, die sich mittels eines mutierten Virus ausbreitet, schreitet rapide voran...

Der Hinterwäldler Peejoe - kurz für Peter Joseph - erhält einen Crashkurs in Lebenserfahrung und Freiheit. Der Katalysator dafür ist eher ungewöhnlich: Seine exzentrische Tante Lucille (Melanie Griffith), die vor ihrem brutalen Mann nach Hollywood flieht, um dort ihre Träume zu verwirklichen.