Im Zentrum stehen die FBI-Agenten Dana Katherine Scully und Fox William Mulder die unter ihrem Vorgesetzten FBI Assistant Director Walter Skinner mysteriöse Fälle aufklären sollen. Obwohl die Ansichten der wissenschaftlich arbeitenden Scully und des intuitiv ermittelnden Mulder oft weit auseinander gehen, bilden sie ein hervorragendes Team. Gemeinsam ergründen sie paranormale wie auch außerirdische Aktivitäten. Dabei geraten sie immer tiefer in einen Strudel aus Verschwörungen, in dem das FBI und die amerikanische Regierung eine entscheidende Rolle zu spielen scheinen...

In Dallas wird ein Bürogebäude in die Luft gesprengt. Die FBI-Agenten Fox Mulder und Dana Scully - nach Schließung der X-Akten zur Anti-Terror-Einheit versetzt - versuchen, den Fall aufzuklären. Im Zuge der Ermittlungen lernen sie den Schriftsteller Dr. Kurtzweil kennen, der ihnen von einer großangelegten Verschwörung erzählt: Außerirdische planen gemeinsam mit der einflußreichen Organisation "Das Syndikat" die Übernahme der Erde. Und die Kolonisation, die sich mittels eines mutierten Virus ausbreitet, schreitet rapide voran...