In Chicagos Museum für Naturwissenschaften wird eine große Ausstellung über Aberglauben vorbereitet, die die finanzielle Zukunft des Hauses sichern soll. Da fällt kurz vor der Eröffnung ein Wärter einem grausamen Mord zum Opfer. Schnell erkennt der leitende Kriminalbeamte, Lt. D'Agosta, daß er es hier nicht mit einem "normalen" Killer, sondern mit der zum Leben erweckten Todesgottheit Kothoga zu tun hat. Mit Hilfe der Evolutionsbiologin Dr. Green macht sich der Cop in den Museumskatakomben auf die Jagd nach dem Ungeheuer.

Ein lautes Brüllen, schwere Schritte, die die Erde erschüttern lassen: Godzilla, eine nach französischen Atomversuchen zum Monster mutierte Echse, hält Einzug in New York und hinterläßt eine Spur unvorstellbarer Verwüstung. Das Militär ist machtlos gegen die Urgewalt des übermächtigen Gegners, selbst Raketen perlen an Godzilla ab wie Wassertropfen. Während die unverzagte Schlacht gegen die todbringende Kreatur immer wütender entbrennt, machen der Biologe Nick und der französische Geheimagent Roache die furchterregende Entdeckung, daß Godzilla Manhattan nicht zufällig angesteuert hat. Hinter seiner Wut lauert eine viel größere Gefahr. Eine Gefahr, die das Ende der Welt bedeutet, wenn nicht sofort gehandelt wird.