Da sein alleinerziehender Vater nach einem Autounfall im Krankenhaus liegt, wird der zwölfjährige Emil Tischbein aus der ostdeutschen Provinz nach Berlin geschickt. Dort soll er mit Pastorin Hummel und deren Sohn zwei Wochen seiner Ferien verbringen. Im Zug stiehlt ihm der zwielichtige Gauner Max Grundeis all seine Ersparnisse. Emil nimmt die Verfolgung auf und lernt dabei Pony Hütchen, die Chefin einer Berliner Kinderbande, kennen. Die beschließt kurzerhand, dem Jungen zu helfen.

Bibi Blocksberg droht wegen schlechter Schulleistunge nicht versetzt zu werden. Deshalb stecken sie ihre Eltern in den Ferien in das Büffelinternat Schloss Altenberg, wo Bibi den sonderlichen Schuldirektor Prof. Bartels kennenlernt. Mit Elea, einem traurigen Mädchen im Rollstuhl, freundet sich Bibi schnell an. Doch der ins Gruselmoor verbannten Hexe Rabia gelingt die Flucht. Sie beginnt einen Rachefeldzug gegen die Blocksbergs.