In naher Zukunft wird die Erde in Trümmern liegen, zerstört durch eine weltweite Feuersbrunst. Die einzigen fünf Überlebenden befinden sich an Bord des NASA Space Shuttles "Odyssey". Nach einem Zeitsprung in die Vergangenheit hat die Crew Gelegenheit, die Geschichte zu verändern und die Zerstörung des Erdballs zu verhindern - jedoch bleibt ihnen dafür nicht viel Zeit.

Als Alice in einem Labor der Umbrella Corp. aufwacht ist sie mit dem T-Virus infiziert. Doch statt zu einem Zombie zu mutieren ist sie stärker, schneller und ihre Sinne sind außergewöhnlich scharf.Ausgerüstet mit diesen biogenetischen "Optimierungen" versucht Alice, zusammen mit der abtrünnigen Umbrella Agentin Jill, im verwüsteten Raccoon City zu überleben und der Stadt, den hungrigen Untoten, sowie Umbrella Soldaten zu entkommen. Wäre da nicht der Super-Mutant Nemesis...