Die letzte Schlacht gegen die Maschinen kämpfen Neo, der Auserwählte, Rebellionsführer Morpheus und ihre Verbündeten - ein Krieg, der in den Ruinen der realen Welt geführt wird, der das Schicksal der Menschheit besiegelt und dessen Sieg in den Händen von Neo liegt, der seinerseits eine Reihe von Überraschungen zu erwarten hat.

Claire Kubiks Welt steht Kopf. Eben noch war die profilierte Topanwältin in glücklicher Ehe mit dem Ex-Marine Tom verheiratet. Schlagartig zerbricht dieses Idyll, als Tom festgenommen und vor dem Militärgericht des Mordes angeklagt wird. Ron Chapman, so Toms angeblich wahrer Name, soll zehn Jahre zuvor bei einem Einsatz in El Salvador neun Menschen massakriert haben. Claire hält zu ihrem Mann. Ihr zur Seite stehen der Militäranwalt Embry sowie der unkonventionelle Jurist Grimes. Zwar deuten immer mehr Indizien auf eine hochrangige Verschwörung hin, doch erschüttern Claires Nachforschungen zunehmend auch ihr Vertrauen in Tom.

Eine Gruppe von Archäologen und Wissenschaftlern angeführt vom Millionär Charles Weyland begibt sich in die Antarktis. Sie vermuten im Eis ein antike Tempelanlage, die noch älter ist als die Pyramiden von Ägypten. In den Ruinen vorgedrungen, entdeckt das Team menschliche Skelette und versteinerte Überreste von Aliens. Es stellt sich schnell heraus, dass der Ort nicht nur als Brutstätte für Alien-Eier dient, sondern auch als Arena für junge Predators...