Bei seinem letzten Undercovereinsatz als FBI-Special-Agent läuft es schlecht für Frank Castle, denn versehentlich wird ein junger Mann dabei getötet. Leider handelt es sich dabei um den Sohn des wohlhabenden Howard Saint, der dem Verantwortlichen daraufhin Rache schwört, denn hinter Saints Fassade lauert ein Magnat des Verbrechens. Dem beauftragten Killertrupp fällt dann auch Castles komplette Familie zum Opfer, er selbst überlebt schwer verletzt. Von dem Wunsch nach Vergeltung getrieben und mit schwerer Artillerie bewaffnet nimmt er die Tarnexistenz des "Punisher" an und beginnt, die Verantwortlichen aufzuspüren und auszulöschen, während er sich als Mensch schwertut, in menschliche Gesellschaft wieder hineinzuwachsen ...

Die letzte Schlacht gegen die Maschinen kämpfen Neo, der Auserwählte, Rebellionsführer Morpheus und ihre Verbündeten - ein Krieg, der in den Ruinen der realen Welt geführt wird, der das Schicksal der Menschheit besiegelt und dessen Sieg in den Händen von Neo liegt, der seinerseits eine Reihe von Überraschungen zu erwarten hat.

Die Wächter schwärmen aus. Smith klont sich. Neo fliegt... aber vielleicht kann selbst der Auserwählte mit seinen atemberaubenden neuen Fähigkeiten den Angriff der Maschinen nicht mehr aufhalten. Neo. Morpheus, Trinity. Zurück im spannenden zweiten Kapitel der Matrix-Trilogie treffen sie auf außergewöhnliche Verbündete: Gemeinsam bekämpfen sie ihre Gegner, die sich klonen, durch Upgrades immer stärker werden und die letzte Festung der Menschheit belagern.