Das Glück von Frank (James Murray) und Lenore Davis (Bijou Phillips) scheint perfekt, nachdem der erfolgreiche Architekt und seine schwangere Frau ein neues Haus auf dem Land bezogen haben. Nach nur sechs Wochen Schwangerschaft bringt Lenore per Kaiserschnitt ein voll entwickeltes Baby zu Welt. Doch als sie aus der Narkose erwacht, findet sich Lenore in einem blutüberströmten Raum wieder. Ärzte und Geburtshelfer wurden bestialisch ermordet. Ihr Kind scheint anfangs wohlauf, doch schon bald müssen die jungen Eltern feststellen, dass mit dem Baby etwas nicht stimmt...

Um das dunkle Kapitel seiner Vergangenheit endlich auszulöschen, muss Jason Bourne sich dieser stellen. Das Projekt, welches ihn erschuf, wird auch weiterhin illegal fortgesetzt. Bourne macht sich daran, den Mord an seiner Freundin zu rächen. Unterstützt wird er dabei von Nicki, einer ehemaligen Agentin und der CIA-Agentin Landy. Doch auch der CIA-Chef Vosen hat seine Killer schon auf Bourne angesetzt, damit alle Gefahren für die Weiterführung des Projekts beseitigt werden.