Für Parker Wilson ist es ein Abend wie jeder andere. Er ist wie immer mit dem 17-Uhr-Zug aus Providence auf dem Bahnhof von Bedrigde angekommen und will weiter nach Hause. Doch dann läuft dem Professor ein kleiner Hund zwischen die Beine. Seine Versuche, noch vor Ort herauszufinden, wem der Welpe gehört, scheitern. Und auch Carl, der Bahnhofsvorsteher, will dem niedlichen Kleinen kein Asyl gewähren. Also nimmt Parker ihn mit. Als Parkers Frau Cate den Welpen sieht, macht sie unmissverständlich deutlich, dass sie keine Hunde im Haus haben will. Er verspricht ihr, ihn noch am nächsten Tag woanders unterzubringen.

Um das dunkle Kapitel seiner Vergangenheit endlich auszulöschen, muss Jason Bourne sich dieser stellen. Das Projekt, welches ihn erschuf, wird auch weiterhin illegal fortgesetzt. Bourne macht sich daran, den Mord an seiner Freundin zu rächen. Unterstützt wird er dabei von Nicki, einer ehemaligen Agentin und der CIA-Agentin Landy. Doch auch der CIA-Chef Vosen hat seine Killer schon auf Bourne angesetzt, damit alle Gefahren für die Weiterführung des Projekts beseitigt werden.

Der brutale Bostoner Mafiaboss Frank Costello hat es geschafft, mit Colin Sullivan einen seiner treuesten Männer bei der städtischen Polizei einzuschleusen, um stets auf dem Laufenden über die geplanten Aktivitäten der Cops zu bleiben. Und weil die Taktik, den Gegner mit Hilfe eines Maulwurfs auszuspionieren, zwar alt aber effektiv ist, hatten auch Polizeichef Queenan und Sergeant Digman diese Idee. Ihr Undercover-Ermittler Billy Costigan hat sich schnell zu einem der engsten Vertrauten von Pate Costello hochgearbeitet. Als sowohl die Mafia als auch das Police-Department erfahren, dass sich ein Falschspieler in ihren Reihen befindet, ohne aber dessen Identität zu kennen, müssen Sullivan und Costigan alles daran setzen, dass der jeweils andere zuerst auffliegt, um somit ihre eigene Tarnung aufrecht erhalten zu können.