Einst hat Arceus den Bewohnern von Michina Town einen Teil seiner Macht in Form des Juwels des Lebens gegeben, um ihnen zu helfen. Als es an der Zeit war, diese Macht zurückzugeben, wurde Arceus jedoch betrogen! Jahre später kehrt Arceus voller Zorn zurück, um die gestohlene Macht zurückzuerlangen. Nicht einmal die vereinten Kräfte von Dialga, Palkia und Giratina können Arceus"? Zerstörungswut Einhalt gebieten. Ash und seine Freunde haben sich mit Sheena verbündet und einen Weg gefunden, die Fehler der Vorväter gutzumachen. Es wird eine gefährliche Reise für die Freunde werden, denn selbst wenn sie das Juwel des Lebens zurückgeben können, bleibt abzuwarten, ob sie Arceus rechtzeitig stoppen können!

Unsere Helden begegnen auf ihrer Reise Shaymin, einem Dankbarkeits-Pokémon. Sie ahnen nicht, dass dieses sie in ein neues Abenteuer zieht. Das Shaymin will zurück in seinen Blumengarten. Bei dem Versuch, es dort hin zu bringen, werden Ash, Lucia und ihre Freunde in die Gegenwelt gezogen. Nur Rocko bleibt zurück. In der Gegenwelt scheint es Giratina auf Shaymin abgesehen zu haben. Unsere Freunde treffen dort auch auf Newton Graceland, der die Gegenwelt erforscht und sie über Giratina aufklärt. Dieses Pokémon kann als einziges zwischen den Welten hin und her reisen.

Der Film beginnt mit einem durchs Wasser treibenden Ei. Bald taucht ein U-Boot auf und es schnappt sich das Ei mit einem Greifarm. Der Kapitän darin freut sich schon darauf, das all seine Wünsche in Erfüllung gehen. Kaum hat er fertig gesprochen, schnappt sich ein U-Boot-Mitglied das Ei. Hier handelt es sich um den Pokémon Ranger Jackie. Er flüchtet mit dem Ei und fängt sich ein Mantax mit seinen FangKom und reitet darauf davon. Damit keiner nachkommt, verpasst Mantax dem Boot noch einen Konfustrahl.