Die Veröffentlichung eines "Heilmittels" für Mutanten schreckt die bisher friedlich mit den Menschen lebende Gesellschaft auf. Magneto nimmt das zum Anlaß einen Kriegszug gegen die Menschen zu führen, um endlich die Herrschaft zu erlangen. Doch die X-Men um Professor Xavier versuchen dem Treiben ein Ende zu bereiten, das Gleichgewicht und den Frieden wieder herzustellen.

Gemeinsam mit Bezirksstaatsanwalt Harvey Dent und Lieutenant James Gordon versucht der im Fledermauskostüm agierende Milliardär Bruce Wayne dem Verbrechen in Gotham City Einhalt zu gebieten. Wie aus dem Nichts taucht plötzlich ein psychotischer Superverbrecher auf - der Joker. In seiner wahnhaften Vision möchte er die Stadt in Chaos und Anarchie stürzen und Batman scheint der einzige, der ihn stoppen kann. Bis es zum endgültigen Show-Down kommt, wird aber viel Blut fließen und auch Menschen die Bruce Wayne nahe stehen, könnten Opfer werden.

Im 21. Jahrhundert gibt es nur noch einen sicheren Platz auf der Erde, da der Rest der Welt verseucht wurde: die Insel. Auch Lincoln Six-Echo wünscht sich nichts mehr als dort hinzukommen und den Rest seines Lebens glücklich zu verbringen. Doch stattdessen lebt er ein tristes Leben in einer kontrollierten Einrichtung, in der alle Bewohner diesen Wunsch hegen. Aber mit der Zeit schwindet die Hoffnung auf Besserung. Als Lincoln dann auch noch herausfindet, dass er und seine Mitbewohner Menschenklone sind, die den richtigen Menschen Ersatzkörperteile liefern sollen, hält ihn nichts mehr dort und er startet zusammen mit der hübschen Jordan Two-Delta einen Fluchtversuch. Beide kennen nur noch eins: Rache - Rache an den Menschen, die ihnen das alles angetan haben.