400 Jahre in der Zukunft, genauer im Jahre 2415, ist Æon Flux eine mysteriöse Attentäterin. Vier Jahrhunderte nach einem Virus, der fast die gesamte menschliche Rasse ausgelöscht hat, leben 5 Millionen Menschen in einer utopischen Stadt genannt Bregna. Æon kämpft um das Goodchild Regime zu vernichten, dass von ihrem Namensvetter und Herrschers von Bregna, Trevor Goodchild angeführt wird. Æon versucht Trevor Goodchild zu töten, doch kurz bevor offenbaren sich weitere Geheimnisse die entdeckt werden müssen und Verschwörungen die vereitelt werden müssen.

Wie wurde Bruce Wayne zu Batman? Als kleiner Junge musste Bruce Wayne mit ansehen, wie seine Eltern auf grauenhafte Weise umgebracht wurden. Deshalb kümmert sich der Butler Alfred Pennyworth um ihn und zieht ihn groß.Eines Tages macht er sich in aller Welt auf die Suche nach einem Weg, die Ungerechtigkeit zu bekämpfen. Als er nach seiner Reise wieder in seine Heimatstadt Gotham City zurückkehrt, muss er feststellen, dass die Verbrechensrate deutlich angestiegen ist. Dieser Umstand und der Drang nach Rache am Mord seiner Eltern treiben ihn langsam aber sicher dazu, sich Kampftechniken beizubringen und ein Fledermauskostüm zu entwerfen, mit deren Hilfe er Nacht für Nacht die Kriminellen der Stadt zur Strecke bringt - als Batman.