Der Rechtsanwalt Adam Ewing lernt 1850 mit einem Schiff die Ureinwohner des Südpazifik und ihre Unterdrückung kennen. Der Junge Musiker Robert Forbisher arbeitet 1931 an seinem Wolkenatlas-Sextett und wird dabei von Ewings Tagebuch inspiriert. Die Journalistin Luisa Rey ermittelt 1975 über eine vertuschte Fehlkonstruktion beim Bau eines Atomkraftwerks und erfährt dabei auch von Forbisher. Der Verleger Timothy Cavendish, der Luisa Reys Geschichte veröffentlichen will, wird in der Gegenwart irrtümlich in ein Altenheim eingewiesen. In der nahen Zukunft kämpft die junge Replikantin Sonmi-451, deren Lieblingsfilm die Verfilmung von Cavendishs Lebensgeschichte ist, für die Anerkennung ihrer Menschlichkeit. Schließlich spielt eine Episode in ferner Zukunft, in der die menschliche Zivilisation weitgehend wieder auf den Stand der Steinzeit zurückgefallen ist. Nur ein Hologramm mit den Aufzeichnungen Sonmis kündet von der lange vergangenen Zeit.

1942 - die USA ziehen in den Kampf gegen Hitler-Deutschland. Steve Rogers wird auf Grund seines Gesundheitszustands als ungeeignet eingestuft. Mit Hilfe des Project: Rebirth soll er trotzdem in den Kampf gegen Nazis ziehen. Der kränkliche Steve wird in eine Art Super-Soldaten namens Captain America transformiert. Hilfe bekommt der neue Superheld dabei von seinem Freund Bucky Barnes. Gemeinsam kämpfen sie gegen Red Skul, Hitlers Geheimwaffe im Krieg gegen den Rest der Welt.