Thor und Loki kehren in ihre Heimat Asgard zurück, wo Göttervater Odin darüber entscheidet, wie mit dem adoptierten Prinzen verfahren werden soll. Währenddessen erhebt sich eine andere Macht in einem der 9 Realms. Der Dunkelelf Malekith scharrt eine Armee uralter Wesen und Monster um sich, mit denen er nicht nur Asgard, sondern den ganzen Kosmos bedroht. Der Donnergott trifft in Thor 2: The Dark Kingdom auf seine Angebetete Jane, die von einem Dämon besessen ist, dessen Verbingung mit den Dunkelelfen sehr nahe liegt. Thor muss also nicht nur seine Menschenfreundin retten, sondern auch eine eigene Streitkraft zusammenstellen, mit der er Malekith besiegen kann. Dafür muss er in die düstersten Ecken Asgards vordringen, wobei ihm jedoch nur eine Person helfen kann: Loki.

Eine gigantische Sintflut droht, alles Leben auf der Erde auszulöschen, denn Gott ist zornig! Doch er beauftragt Noah damit, eine Arche zu bauen. Auf ihr soll er das Überleben von Menschheit und Tierwelt sichern, indem er jede Spezies mit jeweils einem Männchen und einem Weibchen an Bord bringt. Während Noah mit seiner Frau Naameh, seinen Söhnen Ham und Shem sowie deren Freundin Ila an die Arbeit geht, droht Gefahr durch andere Menschen. Die wollen sie sich ihren Platz auf dem rettenden Schiff sichern, als sie von Noahs Plan erfahren. Und sie sind bereit, dafür zu töten. Deswegen setzt Noah alles daran, seinen Auftrag zu Ende zu bringen. Dazu braucht es Hoffnung - die schwindet jedoch mit steigendem Wasserpegel...