Den beiden Gegenspielern Megamind und Megaman wurde der Kampfgeist schon in die Wiege gelegt. Von unterschiedlichen Planeten stammend, wurden beide von ihren Eltern ins All gefeuert, als es dort für die Kleinen zu gefährlich wurde.Viele Jahre später treibt Megamind als legendärer Superbösewicht auf der Erde sein Unwesen und der einzige Grund, weshalb sein Plan, die Stadt Metro City zu erobern, bislang noch nicht aufgegangen ist, ist eben sein Erzrivale Megaman, denn der maskierte Superheld konnte Megaminds Vorhaben stets vereiteln. Doch eines Tages tappt Metroman doch in eine heimtückische Falle von Megamind und kommt dabei ums Leben.

Die Crew der Enterprise wird nach Hause zurückbeordert, nur um festzustellen, dass eine unaufhaltsame Macht des Terrors aus den Reihen ihrer eigenen Organisation die Flotte und die Welt in einen Krisenzustand versetzt. Auch um eine persönliche Rechnung zu begleichen, macht sich Captain Kirk auf zu einer Jagd mitten in ein Kriegsgebiet, um eine Ein-Mann-Massenvernichtungswaffe zu finden und denjenigen, der sie einsetzen will. Unsere Helden sind dabei nur Figuren in einem epischen Schachspiel auf Leben und Tod. Liebe wird auf die Probe gestellt, Freundschaften werden zerrissen und Opfer müssen für Kirks letzte verbliebene Familie erbracht werden: Seine Mannschaft.