Die Crew der Enterprise wird nach Hause zurückbeordert, nur um festzustellen, dass eine unaufhaltsame Macht des Terrors aus den Reihen ihrer eigenen Organisation die Flotte und die Welt in einen Krisenzustand versetzt. Auch um eine persönliche Rechnung zu begleichen, macht sich Captain Kirk auf zu einer Jagd mitten in ein Kriegsgebiet, um eine Ein-Mann-Massenvernichtungswaffe zu finden und denjenigen, der sie einsetzen will. Unsere Helden sind dabei nur Figuren in einem epischen Schachspiel auf Leben und Tod. Liebe wird auf die Probe gestellt, Freundschaften werden zerrissen und Opfer müssen für Kirks letzte verbliebene Familie erbracht werden: Seine Mannschaft.

Thor und Loki kehren in ihre Heimat Asgard zurück, wo Göttervater Odin darüber entscheidet, wie mit dem adoptierten Prinzen verfahren werden soll. Währenddessen erhebt sich eine andere Macht in einem der 9 Realms. Der Dunkelelf Malekith scharrt eine Armee uralter Wesen und Monster um sich, mit denen er nicht nur Asgard, sondern den ganzen Kosmos bedroht. Der Donnergott trifft in Thor 2: The Dark Kingdom auf seine Angebetete Jane, die von einem Dämon besessen ist, dessen Verbingung mit den Dunkelelfen sehr nahe liegt. Thor muss also nicht nur seine Menschenfreundin retten, sondern auch eine eigene Streitkraft zusammenstellen, mit der er Malekith besiegen kann. Dafür muss er in die düstersten Ecken Asgards vordringen, wobei ihm jedoch nur eine Person helfen kann: Loki.