Die Apokalypse bricht über Los Angeles herein - und sie kommt nicht vom Himmel, sondern aus dem Inneren des Planeten. Seit fünf Milliarden Jahren arbeitet der Erdkern unerbittlich wie ein Nuklear-Reaktor. Nun droht eine Überhitzung und damit auch eine Explosion wie ein gigantischer Sprengsatz tief in der Erde unter der Stadt der Engel. Dort ist die Oberfläche bereits am Zerbersten und ein enormer Druck baut sich spürbar auf, sodass die Regierung eine Massenevakuierung anordnet. Doch Calvin Crawford weigert sich ohne seine Verlobte Ashley zu gehen. Sie ist spurlos verschwunden und er macht sich auf die gefährliche Suche, ohne zu wissen, dass seine Liebste entführt worden ist und von einigen Kriminellen als Geisel festgehalten wird. Die Zeit rennt Calvin davon, denn mit jeder weiteren verstrichenen Sekunde nähert sich der unaufhaltsame Untergang von Los Angeles.

Der Mega Shark kehrt nach seinen Kämpfen gegen den riesigen Octopus und den Crocosaurus erneut zurück. Als er dieses mal wieder die Weltmeere unsicher macht und einen gigantischen Schaden vor der Küste Ägyptens anrichtet, hat dies weltweite Börsencrashs und Panik zur Folge. Doch die Navy hat aus den ersten Mega-Shark-Vorfällen gelernt und ist nun besser auf die Situation vorbereitet: Sie haben bereits ein spezielles U-Boot entwickelt, dass der Gestalt eines Hais ähnelt. Die Militärwissenschaftlerin Rosie will damit dem gigantischen Haifisch gegenübertreten und ihn besiegen. Jedoch konnte Rosie viele der Schwächen der neuartigen Maschine noch nicht rechtzeitig ausmerzen und der Mega Shark macht sich diese schon bald zu Nutzen.