Die eigentlich recht wehrhafte Elite-Einheit G.I. Joe wird von einer höheren Instanz attackiert und soll vollständig ausgelöscht werden. Bei der perfide geplanten Liquidierungsaktion sterben viele Mitglieder der kampferprobten Elite-Einheit. Nur eine kleine Runde rund um Captain Duke Hauser, den zupackenden Roadblock und die verführerische Lady Jaye überleben den tödlichen Übergriff und gehen der Sache fortan auf den Grund. Unterstützung erhalten sie dabei von dem zwar etwas in die Jahre gekommenen, aber immer noch recht schlagfertigen General Joe Colton, seines Zeichens ehemaliger Gründer der Elite-Einheit G.I. Joe.

Als Soldat John seinen Urlaub Zuhause verbringt, lernt er Savannah kennen. Die beiden verlieben sich sofort ineinander. Er ist die große Liebe für sie. Doch dann kommt es zu den Anschlägen des 11. September, die John dazu bewegen, seinen Militärdienst zu verlängern und seinen Kameraden im Krieg beizustehen. Savannah kommt mit Johns Entschluss nicht zurecht und schreibt ihm schon bald einen Abschiedsbrief, in dem sie ihm von einem neuen Mann erzählt. John will nun alles dafür tun, sie zurückzugewinnen, und beginnt nach seiner Heimkehr, Savannah zu suchen.