Die eigentlich recht wehrhafte Elite-Einheit G.I. Joe wird von einer höheren Instanz attackiert und soll vollständig ausgelöscht werden. Bei der perfide geplanten Liquidierungsaktion sterben viele Mitglieder der kampferprobten Elite-Einheit. Nur eine kleine Runde rund um Captain Duke Hauser, den zupackenden Roadblock und die verführerische Lady Jaye überleben den tödlichen Übergriff und gehen der Sache fortan auf den Grund. Unterstützung erhalten sie dabei von dem zwar etwas in die Jahre gekommenen, aber immer noch recht schlagfertigen General Joe Colton, seines Zeichens ehemaliger Gründer der Elite-Einheit G.I. Joe.

Sean hat viel erlebt. Nachdem er bereits mit seinem Onkel zum Mittelpunkt der Erde reiste, steht nun die nächste Reise an. Zusammen mit seinem Stiefvater in spe, Hank Parson, hat es sich Sean zur Aufgabe gemacht, eine mysteriöse Insel zu finden, von der sein verschollener Großvater stets erzählt hat. Zusammen machen sie sich auf den Weg, die Spur eines Funkspruchs zu verfolgen. Schon bald stoßen die hübsche Kailani und der Pilot Gabato der Reisegemeinschaft hinzu, denn ohne fremde Hilfe würden Sean und Hank nicht weit kommen. Bevor sie gemeinsam mit einem Helikopter zum Ort des abgegebenen Funkspruchs fliegen können, werden sie von einem Unwetter zur Notlandung gezwungen. Glücklicherweise finden sie sich am Strand einer Insel wieder - Der geheimnisvollen Insel. Doch die atemberaubende Schönheit der Insel täuscht. An vielen Ecken lauern Gefahren, die die kleine Gruppe vor ganz neue Herausforderungen stellen.