Nachdem viele der X-Men gestorben sind und die Allianz der Kämpfer mit den übernatürlichen Kräften aufgelöst wurde, befindet sich Logan aka Wolverine in einer Situation, in der er von der Verantwortung gegenüber seinem alten Team entbunden ist. Auf der Suche nach einem Grund zu leben, begibt er sich in das moderne Japan. Dort trifft er sowohl ihm gut und schlecht gesonnene Menschen und muss sich fragen, wem er trauen kann. Neben Feinden wie Industriellen, Politikern, Frauen und Ninjas trifft er auch auf seinen Erzfeind: Kenuichio Harada, besser bekannt als Silver Samurai. Als Mutant kann er verschiedene Stoffe mit Energie beladen und so mit seinem Samurai-Stahl jede Materie durchdringen. Wolverine entdeckt zum ersten Mal, dass es etwas gibt, das ihn verwundbar macht und stößt an seine körperlichen und emotionalen Grenzen. In einem seiner schwierigsten Kämpfe stellt er sich seiner eigenen Unsterblichkeit.

Ex-CIA-Agent und Familienvater Bryan Mills rettete seine Tochter Kim und deren Mutter Lenore bereits zwei Mal aus den bedrohlichsten Situationen. Diesmal muss er sich primär um die eigene Haut kümmern - Mills wird zum Hauptverdächtigen in einem Mordfall, dessen Opfer ihm sehr nahe stand. Der Einzelkämpfer sieht nur eine Möglichkeit, seine Unschuld zu beweisen: Er muss den Killer selbst ausfindig machen und zur Rechenschaft ziehen. Seine in vielen gefährlichen Missionen geschulten, ebenso besonderen wie tödlichen Fähigkeit setzt Mills aber nicht nur für die Jagt ein, sondern auch, um sich die Polizei vom Hals zu halten. Diese fahndet mit allen Mitteln nach dem früheren Spion, angeführt von dem hartnäckigen Polizeiinspektor Franck Dotzler ...