Der amerikanische Langstreckenläufer Louis Zamperini nimmt als jüngstes Mitglied des US-Olympiateams 1936 an den Olympischen Spielen in Berlin teil. Zwar gewinnt er keine Medaille, liefert sich aber ein so packendes Finalrennen, dass Adolf Hitler ihn treffen will. Vier Jahre später gilt Zamperini als großer Favorit für die Olympischen Spiele in Tokyo, die aufgrund des ausbrechenden Zweiten Weltkrieges jedoch abgesagt werden. Zamperini zieht freiwillig als Bombenschütze in den Krieg. Nach einer Bruchlandung im Pazifik können sich er und zwei weitere Soldaten auf ein Floß retten. Dort kämpfen sie 47 Tage ums Überleben, ehe sie von der japanischen Navy aufgelesen und gefangengenommen werden. Auf dem Schiff müssen sie sadistische Folterungen über sich ergehen lassen...

Nachdem viele der X-Men gestorben sind und die Allianz der Kämpfer mit den übernatürlichen Kräften aufgelöst wurde, befindet sich Logan aka Wolverine in einer Situation, in der er von der Verantwortung gegenüber seinem alten Team entbunden ist. Auf der Suche nach einem Grund zu leben, begibt er sich in das moderne Japan. Dort trifft er sowohl ihm gut und schlecht gesonnene Menschen und muss sich fragen, wem er trauen kann. Neben Feinden wie Industriellen, Politikern, Frauen und Ninjas trifft er auch auf seinen Erzfeind: Kenuichio Harada, besser bekannt als Silver Samurai. Als Mutant kann er verschiedene Stoffe mit Energie beladen und so mit seinem Samurai-Stahl jede Materie durchdringen. Wolverine entdeckt zum ersten Mal, dass es etwas gibt, das ihn verwundbar macht und stößt an seine körperlichen und emotionalen Grenzen. In einem seiner schwierigsten Kämpfe stellt er sich seiner eigenen Unsterblichkeit.