Nachdem durch die randalierenden und genetisch veränderten Affen und den ausgebrochenen Virus die Weltbevölkerung drastisch reduziert wurde, versuchen einige wenige Überlebende ihr Dasein in San Francisco zu fristen. Aber auch bei den Affen ergeben sich Probleme. Der Anführer Caesar muss seine Machtposition in den eigenen Rängen behaupten. Mittlerweile hat er selbst eine Frau und ein Baby. Seinen Artgenossen hat er mittlerweile beigebracht, sich mithilfe einer Zeichenspracheuntereinander zu verständigen. Alles deutet darauf hin, dass der Waffenstillstand zwischen Affen und den überlebenden Menschen nicht von Dauer sein wird. Bald schon wird sich entscheiden, welche der beiden Spezies die Erde in Zukunft dominieren wird.

Seit 12 Monaten müssen der DEA Agent Bobby Trench und der U.S. Naval Intelligence Officer Michael Stigman nun schon gegen ihren Willen zusammenarbeiten, denn die beiden wurden undercover in ein Drogen-Syndikat eingeschleust. Jeder der beiden misstraut seinem Partner mindestens genauso sehr wie den Kriminellen, die sie zur Strecke bringen sollen. Als ihr Versuch, ein mexikanisches Drogenkartell zu unterwandern und Millionen von Dollar sicher zu stellen, schief geht, werden Trench und Stigman plötzlich von ihren Vorgesetzten fallen gelassen. Jetzt, da jeder sie im Gefängnis oder tot sehen will, gibt es nur noch eine Person, auf die sie sich verlassen können - auf den jeweils anderen. Zum Leidwesen ihrer Verfolger. Denn die müssen bald feststellen, dass gute Jungs, die jahrelang so getan haben, als wären sie böse Jungs, nebenbei auch ein paar entsprechende Tricks aufgeschnappt haben ...