In Philadelphia wird Ex-UNO-Mann Gerry Lane mit seiner Familie Zeuge, wie die Stadt von einer blitzschnell wachsenden Masse Untoter attackiert wird. Im letzten Augenblick gelingt die Flucht auf einen Flugzeugträger vor der Küste Amerikas, wo sich Gerrys schlimmste Befürchtungen bestätigen: Die ganze Welt ist bereits infiziert. Um seiner Familie weiterhin Schutz bieten zu können, lässt Gerry sich zu einem Himmelfahrtskommando überreden und macht sich auf die Suche nach dem Patienten Zero, von dem die Seuche ausging.

Auf Befehl von General Douglas MacArthur wird Japan-Experte General Bonner Fellers in das zerstörte Tokio der unmittelbaren Nachkriegszeit geschickt. Dort soll er nach Japans Hauptkriegsverbrechern fahnden und die Lage des Kaisers von Japan untersuchen. Obwohl Kaiser Hirohito von seinem Volk sehr geschätzt wird, werden ihm schwere Kriegsverbrechen vorgeworfen. Fellers soll dabei helfen, eine Entscheidung von besonderem Ausmaß zu treffen: Soll der Kaiser vor Gericht gestellt und zum Tode verurteilt werden? Nebenbei will Fellers seine alte Liebe Aya wiederfinden, eine Austauschstudentin, die er Jahre zuvor in den USA getroffen hat. Bei seiner Ergründung der japanischen Geschichte und der Suche nach seiner großen Liebe stellt sich Fellers grundlegende Fragen der Humanität und Weisheit, um am Ende eine Entscheidung zu treffen, die beide Nationen für immer verändern wird.