Eben noch wähnte sich Nathan Harper als stinknormaler Jugendlicher, der zur Schule geht und in einem spießigen Vorort lebt, da entdeckt er auf einer Webseite mit Fotos vermisster Kinder das Bild eines Jungen, der eine verdammt hohe Ähnlichkeit mit Nathan aufweist. Sein Zweifel an seiner vermeintlichen Herkunft erfährt überzeugend Bestätigung, als mit einem Mal ein Team hochprofessioneller Killer ihm nach dem Leben trachtet. Wer will ihn warum töten? Wer sind die Menschen, die er für seine Eltern hielt? Wo sind seine leiblichen Eltern? Wem kann Nathan noch trauen? Zunächst auf der Flucht vor Killern und Behörden nimmt Nathan schließlich gemeinsam mit seiner einzigen Vertrauten, der Nachbarstochter Karen, sein Schicksal in die Hand und spürt seiner mysteriösen Vergangenheit nach.

Bei einem Einsatz des IMF im Kreml kommt es zu einem folgenschweren Zwischenfall: IMF-Anführer Ethan Hunt wird Zeuge eines verheerenden Bombenattentats, das der IMF in die Schuhe geschoben wird. Die Regierung verleugnet die Elite-Abteilung und initiiert das Phantom-Protokoll, ihr einziger Kontakt zur Kommandostruktur wird ermordet. Mit seinen Leuten geht Ethan in den Untergrund, um auf eigene Faust den Drahtzieher zu stellen. Die Spur führt nach Dubai, wo sie dem undurchschaubaren Hendricks auf die Schliche kommen.

Eben noch wähnte sich Nathan Harper als stinknormaler Jugendlicher, der zur Schule geht und in einem spießigen Vorort lebt, da entdeckt er auf einer Webseite mit Fotos vermisster Kinder das Bild eines Jungen, der eine verdammt hohe Ähnlichkeit mit Nathan aufweist. Sein Zweifel an seiner vermeintlichen Herkunft erfährt überzeugend Bestätigung, als mit einem Mal ein Team hochprofessioneller Killer ihm nach dem Leben trachtet. Wer will ihn warum töten? Wer sind die Menschen, die er für seine Eltern hielt? Wo sind seine leiblichen Eltern? Wem kann Nathan noch trauen? Zunächst auf der Flucht vor Killern und Behörden nimmt Nathan schließlich gemeinsam mit seiner einzigen Vertrauten, der Nachbarstochter Karen, sein Schicksal in die Hand und spürt seiner mysteriösen Vergangenheit nach.