Nachdem die beiden Schildkröten Sammy und sein Freund Ray um die ganze Welt gereist sind, wollen sie endlich ihren wohlverdienten Urlaub genießen und einfach nur faulenzen. Doch ihr Ruhestand wird zunichte gemacht, als ein bösartiger Fischer beide Schildkröten einfängt und verkauft. Weit weg von Zuhause finden sich Sammy und Ray in einen Aquarium wieder. Hinter dem Glas gefangen müssen sie feststellen, dass sie zu einer Touristenattraktion geworden sind und Zuschauer belustigen sollen. Während der Gefangenschaft lernen sie den Karpfen Jimbo und den Hummer Lulu kennen. Gemeinsam schmieden sie einen genialen Fluchtplan. Auch von außerhalb rückt derweil Unterstützung an, denn die Enkelkröten Ricky und Ella sind bereits auf dem Weg zu ihnen, um eine grandiose Rettungsaktion zu starten.

Wir schreiben das späte 21. Jahrhundert. Überall auf der Welt wurden bei den unterschiedlichsten uralten Kulturen, wie den Azteken oder Mesopotamiern, Zeichnungen gefunden, die auf eine Art Sternenkarte hinweisen. Eine Gruppe von Wissenschaftlern unter Leitung von Dr. Elizabeth Shaw soll im Auftrag des Weyland-Konzerns, gegründet vom Visionär Peter Weyland, diesen Zeichen nachgehen, die Shaw als eine Art Einladung deutet. Die Mission, die von Meredith Vickers für den Weyland-Konzern organisiert und überwacht wird, führt das Team und die Crew von Captain Janek an den Rand des Universums und in eine Welt jenseits der Vorstellungskraft. Was sie schließlich finden, ist nicht nur die mögliche Wiege der Menschheit, sondern auch der wahrscheinliche Untergang der menschlichen Rasse.