In einem japanischen Atomkraftwerk, in dem der amerikanische Ingenieur Joe Brody und seine Frau Sandra beschäftigt sind, kommt es zu einer Katastrophe. Noch Jahre später versucht Joe, der als einer der wenigen überlebt hat, die wahren Ursachen des Unglücks aufzuklären. Und seine Intuition gibt ihm Recht. Zusammen mit seinem Sohn Ford und dem Wissenschaftler Ichiro Serizawa findet er heraus, dass ein riesiges Monster für die Katastrophe von damals verantwortlich war. Und jetzt schlägt es wieder zu! Das Militär ist machtlos. Kann der sagenumwobene Godzilla helfen?

Nach den Geschehnissen mit den Avengers in New York zieht sich Steve Rogers nach Washington zurück. Dort hat er nach wie vor Probleme, sich an das moderne Leben zu gewöhnen. Doch er wird wieder in den Einsatz berufen, als ein S.H.I.E.L.D.-Agent Ziel eines Angriffs wird. Dies ist nur der Beginn eines größeren Plans, der die ganze Welt in Gefahr bringen könnte. Steve kehrt als Captain America zurück und versucht mit Hilfe von Agentin Romanoff, auch bekannt als Black Widow, die Verschwörung aufzuklären. Die Beiden erhalten zusätzliche Unterstützung vom Falken. Die Mission birgt einige Gefahren und die beiden werden oftmals Ziel von Attentaten. Doch die größte Gefahr ist der Gegner selbst: der Winter Soldier.