Thor und Loki kehren in ihre Heimat Asgard zurück, wo Göttervater Odin darüber entscheidet, wie mit dem adoptierten Prinzen verfahren werden soll. Währenddessen erhebt sich eine andere Macht in einem der 9 Realms. Der Dunkelelf Malekith scharrt eine Armee uralter Wesen und Monster um sich, mit denen er nicht nur Asgard, sondern den ganzen Kosmos bedroht. Der Donnergott trifft in Thor 2: The Dark Kingdom auf seine Angebetete Jane, die von einem Dämon besessen ist, dessen Verbingung mit den Dunkelelfen sehr nahe liegt. Thor muss also nicht nur seine Menschenfreundin retten, sondern auch eine eigene Streitkraft zusammenstellen, mit der er Malekith besiegen kann. Dafür muss er in die düstersten Ecken Asgards vordringen, wobei ihm jedoch nur eine Person helfen kann: Loki.

Als ihr Fürst heimtückisch ermordet wird, bleibt 47 entehrten Ronin (herrenlose Samurai) nur die Verbannung - deshalb wollen sie Rache. Der Krieger Oishi und seine Gefährten sind dabei auf die Unterstützung des Halbbluts Kai angewiesen, müssen ihn aber zunächst aus der Sklaverei befreien. Kai wurde einst vom Fürsten aufgenommen und erzogen und liebt seit langem die Tochter seines Herren. Obwohl die Ronin das Halbblut ihre Abneigung spüren lassen, schließt Kai sich ihrer Gruppe an und steigt schließlich sogar zum Anführer auf. Gemeinsam versuchen sie die Festung des Feindes zu stürmen und die Ehre ihres Fürsten wieder herzustellen. Doch auf dem Weg dorthin müssen sie sich gegen ihre Feinde, zu denen nicht nur Fabelwesen und eine verführerische Hexe zählen, wehren.