Löwe Alex, Zebra Marty, Giraffe Melman und Nilpferddame Gloria versuchen mit Hilfe von Lemuren-König Julien und dem Pinguin-Quartett zurück nach Hause, in den New Yorker Zoo, zu kommen. Doch sie stranden in Europa. Ihre chaotische Odyssee führt sie von einem Spielkasino in Monte Carlo zu einem Wanderzirkus, der die ideale Tarnung für sie bedeutet. Doch erst einmal muss man sich mit dem Personal arrangieren, insbesondere Alex und Tiger Vitali kommen nicht so gut miteinander aus. Sich tolle Nummern aus zu denken und sie in der Mange zu präsentieren, scheint im Vergleich dazu eine leichte Übung zu sein.

Einst war der gestiefelte Kater ein gefeierter Held, bis ihn sein ehemaliger Freund Humpdy Dumpty betrog. Seitdem wird der Kater geächtet und muss seinen Lebensunterhalt mit Diebstählen verdingen. Bis eines Tages sein alter Freund Humpdy wieder auf der Bildfläche erscheint. Zusammen mit der Diebin Kitty Samtpfote, will er ein paar magische Bohnen stehlen und dafür brauchen sie die Hilfe des gestiefelten Katers. Da der Kater dadurch seine Schuld in seinem alten Heimatdorf wiedergutmachen könnte, steigt er bei dem Plan ein. Dafür müssen sie zuerst die magischen Bohnen den zwei Banditen Jack und Jill entwenden, diese sollen nämlich der Schlüssel zu einem magischen Reich voller Schätze sein.

Den beiden Gegenspielern Megamind und Megaman wurde der Kampfgeist schon in die Wiege gelegt. Von unterschiedlichen Planeten stammend, wurden beide von ihren Eltern ins All gefeuert, als es dort für die Kleinen zu gefährlich wurde.Viele Jahre später treibt Megamind als legendärer Superbösewicht auf der Erde sein Unwesen und der einzige Grund, weshalb sein Plan, die Stadt Metro City zu erobern, bislang noch nicht aufgegangen ist, ist eben sein Erzrivale Megaman, denn der maskierte Superheld konnte Megaminds Vorhaben stets vereiteln. Doch eines Tages tappt Metroman doch in eine heimtückische Falle von Megamind und kommt dabei ums Leben.