Eine geheime Militäraktion wird durch die Bruchlandung eines Predator-Raumschiffes gestört. Während zwei seiner Kameraden getötet werden, kann Quinn McKenna das Alien außer Gefecht setzten und seine Ausrüstung an sich nehmen. Als er diese jedoch zu sich nach Hause schickt und sein am Asperger-Syndrom leidender Sohn es schafft, sie in Betrieb zu nehmen, lockt er damit die Predators direkt zu sich. Zusammen mit einer chaotische Truppe von Ex-Soldaten und der Biologin Casey Bracket muss er nun um sein Überleben und das seines Sohnes kämpfen.

Der Motor für das Fortbestehen einer Art ist die Mutation, die unter bestimmten sich ändernden Umweltbedingungen sich von größtem Vorteil erweist. Noch sah sich immer der Mensch, der Homo sapiens, als die Krone der Schöpfung. Doch nun - mit dem Auftritt der Mutanten - sehen sich die Menschen in ihrer Alleinstellung bedroht vom Homo sapiens superior. Und tatsächlich sollen sie von ihrem Thron gestürzt werden. Denn keiner Vertritt mehr die Maxime des Survival of the Fittest als Apocalypse, der erste der Mutanten. Doch Apocalypse ist wenig zimperlich im Kampf ums Überleben, auch Mutanten, die Schwäche zeigen, müssen ausgetilgt und vernichtet werden. Und so müssen die Menschen und die Mutanten um Professor Xavier und Magneto Seite an Seite stehen, um gegen Apocalypse und seinen Selektionsdruck eine Chance zu haben.