In der Zukunft ist die Welt frei von Privatsphäre und Anonymität. Jede Erinnerung wird aufgezeichnet und somit wird der Bürger zum transparenten Wesen verdammt. Mittendrin: Sal Frieland, der seinen Lebensunterhalt als Detective verdient und zugeben muss, dass das totalitäre Überwachungsregiment immerhin die Kriminalität fast gänzlich auf Null reduziert hat. Plötzlich beginnt allerdings eine brutale Mordserie, wie es sie schon lange nicht mehr gab. Friedland geht der Sache auf den Grund und trifft bei den Ermittlungen schließlich auf eine mysteriöse junge Frau. Diese scheint dem System stets einen Schritt voraus zu sein und verfügt weder über eine Identität, noch sonst eine nachvollziehbare Historie in ihrem Leben. Ist sie der Schlüssel zu dem Ganzen? Eines steht jedenfalls fest: Das System droht massiv zu scheitern.

Callum Lynch soll wegen Mordes hingerichtet werden, doch kurz bevor das Urteil vollstreckt wird, kommt er im Auftrag der Firma Abstergo Industries in die Einrichtung der Wissenschaftlerin Sophia Rikkin nach Madrid, wo Menschen mit hohem Gewaltpotenzial geheilt werden sollen. Nur wenig später erfährt Callum jedoch, dass hinter der Organisation des Generaldirektors Alan Rikkin die moderne Inkarnation des Templerordens steckt. Die Templer wollen den legendären Apfel Edens finden, um damit den freien Willen der Menschheit zu steuern - und Callum soll ihnen dabei behilflich sein. Mittels einer Maschine durchlebt er die Erinnerungen seines Vorfahren Aguilar de Nerha, einem Assassinen zur Zeit der Spanischen Inquisition. Doch während er in der Vergangenheit seine Mission ausführt, erlernt Callum immer mehr Fähigkeiten, die er in der Gegenwart gegen die Templer einsetzen kann...