Der Motor für das Fortbestehen einer Art ist die Mutation, die unter bestimmten sich ändernden Umweltbedingungen sich von größtem Vorteil erweist. Noch sah sich immer der Mensch, der Homo sapiens, als die Krone der Schöpfung. Doch nun - mit dem Auftritt der Mutanten - sehen sich die Menschen in ihrer Alleinstellung bedroht vom Homo sapiens superior. Und tatsächlich sollen sie von ihrem Thron gestürzt werden. Denn keiner Vertritt mehr die Maxime des Survival of the Fittest als Apocalypse, der erste der Mutanten. Doch Apocalypse ist wenig zimperlich im Kampf ums Überleben, auch Mutanten, die Schwäche zeigen, müssen ausgetilgt und vernichtet werden. Und so müssen die Menschen und die Mutanten um Professor Xavier und Magneto Seite an Seite stehen, um gegen Apocalypse und seinen Selektionsdruck eine Chance zu haben.

In einer alternativen Zukunft ist die Stadt Chicago von der Außenwelt abgeschnitten und die Menschen sind entsprechend ihrer Fähigkeiten in fünf Gruppen eingeteilt: Ferox (die Furchtlosen), Altruan (die Selbstlosen), Cadnor (die Freimütigen), Ken (die Gelehrten) und Amite (die Friedfertigen). Nach ihrem Konflikt mit der skrupellosen Ken-Anführerin Jeanine Matthews und ihrer Flucht aus Chicago steht die "Unbestimmte" Beatrice "Tris" Prior mehr denn je zwischen den Fronten der fünf Fraktionen. Besonders Jeanine hat es auf sie abgesehen. Begleitet von ihrem ehemaligen Trainingsleiter Four wird sie gnadenlos von der Ken-Führerin verfolgt. Es beginnt ein Wettlauf gegen die Zeit, denn um herauszufinden, warum sie überhaupt verfolgt wird, muss Tris sich Klarheit über die undurchsichtige Allianz verschaffen und die Wahrheit über ihre Vergangenheit ans Licht bringen...