In den letzten Szenen von "Sharknado 5: Global Swarming" ist Fin der einzige Überlebende, nachdem die Erde durch die Sharknados zerstört wurde. Nun muss Fin in Sharknado 6 durch die Zeit reisen, um den Sharknado zu verhindern, mit dem alles begann. Werden Fin und sein Team es schaffen, die Ordnung wiederherzustellen und die Welt ein weiteres Mal zu retten?

Der todbringende Hai-Sturm tobt ein fünftes Mal: Nachdem von Nordamerika nur noch Ruinen übrig sind, ziehen die gefräßigen Kreaturen weiter. Die Welt versucht sich fieberhaft auf das Unausweichliche vorzubereiten: einen globalen Sharknado. Dabei tobt der Sturm in europäischen Städten wie London oder in Italien, aber auch auf asiatischem Gebiet. Das Wetterphänomen wütet sogar über Australien. Die erfahrenen Überlebenskämpfer Fin (Ian Ziering) und April (Tara Reid) müssen sich beeilen, um die drohende Katastrophe aufzuhalten und die Welt vor der Auslöschung zu bewahren. Und sie müssen ihren Sohn Matt (Cody Linley) retten, der mitten in einem "traveling "?nado" über den Planeten gewirbelt wird...

Eigentlich soll April Wexler und Fin Sheperd ein angenehmer Urlaub bevorstehen, doch starker Wind und jede Menge Regen macht ihnen einen Strich durch die Rechnung. Was nun folgt, ist den beiden nur zu gut bekannt: Ein Tornado, in dem unzählig viele hungrige Haie lauern, zieht über das Land und schließt sich mit weiteren Wirbelstürmen dieser Art zusammen. Die ganze Ostküste der USA wird bedroht - von Washington bis Orlando. Der Hai-Sturm nähert sich dem Spring Break, wo sich Fins Kinder zu bebenden Beats mit zahlreichen anderen Feierwütigen amüsieren wollen. Für die bissigen Bestien gleicht das Party-Gelage einem Festschmaus und der Sturm nimmt Kurs auf Florida. Auch bei seinem dritten Aufeinandertreffen mit den vom Himmel fallenden Haien schwingt Fin wieder eine Kettensäge und bekommt diesmal unter anderem von seinem Vater Gilbert tatkräftige Unterstützung, denn dieser ist gar nicht gut auf die Biester zu sprechen, haben sie doch seinen Lebensgefährten auf dem Gewissen.

Da sie unter einer starken Form der Agoraphobie leidet, ist es Nina (Gema Calero) nicht möglich, sich unter Menschenmengen zu mischen und im Freien zu bewegen. Um zu einem möglichst normalen Leben zurückzufinden, beschließt sie, gemeinsam mit ihrem Ehemann Tom (Adam Brudnicki) in das abgelegene Haus ihres kürzlich verstorbenen Vaters auf den Florida Keys zu ziehen. Mithilfe ihres Arztes Dr. Murphy (Tony Todd) hofft Nina nun endlich eine Besserung ihrer Lebenssituation herbeiführen zu können. Doch schon bald kommt es auf dem Anwesen zu merkwürdigen Geschehnissen und Nina ist überzeugt, den Geist ihres Vaters gesehen zu haben. Für Nina ist die Lage nicht nur deshalb vertrackt, weil keiner ihrer Geschichte Glauben schenkt, auch scheint Tom ein doppeltes Spiel zu spielen

Ein gigantischer Wirbelsturm, der vor der kalifornischen Küste einen Haischwarm erwischt und mit in die Luft gerissen hat, bewegt sich auf Los Angeles zu. Fin, der Eigentümer einer Surfer-Bar am Strand von Long Beach, muss entsetzt mit ansehen, wie der Sturm und ein schier unaufhörlicher Regen gigantischer weißer Haie seinen Lebenstraum zerstört. Zusammen mit seinem besten Freund Baz, seiner Freundin und dem alten Säufer George macht er sich daran, bewaffnet mit Kettensägen und Schrottflinten, seine Ex-Frau April und seine beiden Kinder vor diesen fliegenden Fressmaschinen zu schützen. Doch dies ist ein fast hoffnungsloses Unterfangen, da der Sturm auch das Meerwasser immer mehr in die Stadt hineingedrückt hat und die Gruppe sich nun auch noch vor den Haien, die durch die überfluteten Straßen schwimmen, schützen muss.