Der gutmütige Emmet wird eines Tages von der abenteuerlustigen Wyldstyle entführt. Sie glaubt, in dem Normalo den von einer Prophezeiung angekündigten Meisterbauer gefunden zu haben. Unter der Führung des alten Mystikers Vitruvius soll Emmet gemeinsam mit Batman und Wyldstyle den skrupellosen Bösewicht Lord Business aufhalten. Der möchte mit Hilfe zahlloser finsterer Schergen das Universum zusammenkleben - und somit die LEGO-Welt zerstören. Obwohl Emmet darauf beharrt, dass er nicht der Auserwählte ist, glaubt insbesondere Wyldstyle an seine außergewöhnlichen Fähigkeiten. Ebenfalls mit von der heldenhaften Partie sind Pirat Eisenbart, Weltraumfahrer Benny und das liebreizende Einhorn Kitty.

Die Kaiju, monströse außerirdische Kreaturen, erheben sich aus dem Meer und ziehen in einen Krieg gegen die Menschheit, der Unzählige das Leben kosten und die Reserven der Erde bis in alle Zeit aufbrauchen könnte. Um die Kaiju zu bekämpfen, wird eine spezielle Waffe hergestellt: Gigantische Roboter namens Jaeger, die durch zwei Piloten gesteuert werden, deren Gehirne durch eine neurale Brücke ebenfalls miteinander verknüpft werden. Jedoch scheinen selbst die ausgeklügeltsten Waffen an den übermächtigen Aliens zu scheitern. In ihrer Ratlosigkeit wenden sich die Streitkräfte der Erde an den abgehalfterten Ex-Piloten Raleigh Antrobus und seine unerfahrene Novizin Mako Mori, die ein scheinbar schlecht ausgerüstetes, älteres Modell der Jaeger gegen die Kaiju in den Kampf führen sollen. Die beiden werden zur letzten Hoffnung gegen die übermächtige apokalyptische Gewalt aus dem All.